Un potentiel nouveau variant de la Covid-19 découvert dans les égouts de New-York

Un article paru le 3 février 2022 dans la prestigieuse revue Nature fait état d’un nouveau variant du coronavirus, découvert dans les égouts de New York. Celui-ci ne porte pas encore de nom. Il pourrait provenir de l’Homme ou bien des rats. Faut-il s’inquiéter ?

Depuis le début de la pandémie, les variants du coronavirus se succèdent : Alpha, Delta, Omicron… et plus récemment le sous-variant d’Omicron BA.2. Si pour beaucoup, Omicron pourrait sonner la fin de la pandémie, le directeur général de l’OMS est d’un autre avis. Dans son discours du 24 janvier 2022, il précisait : « à l’échelle mondiale, les conditions sont idéales pour l’émergence d’autres variants ». En effet, plus le virus circule, plus il a la possibilité de muter et donc de donner naissance à de nouveaux variants. La vaccination massive des populations et le respect des gestes barrières sont pour le moment les seuls moyens dont nous disposons pour limiter la survenue de ceux-ci.

Dans ce contexte, surveiller l’émergence de nouveaux variants potentiellement plus dangereux ou plus contagieux est indispensable. Comme beaucoup d’autres villes, New York analyse les eaux usées, non seulement pour suivre le niveau de circulation du virus mais aussi pour détecter au plus tôt de potentiels nouveaux variants.

Les auteurs de cette étude ont rapporté la détection de plus en plus fréquente d’une séquence du coronavirus jusqu’ici jamais identifiée dans les bases de données existantes. Il s’agit donc potentiellement d’un nouveau variant, qui aurait un grand nombre de mutations en commun avec le variant Omicron. Les auteurs ont réalisé des expériences in vitro. Celui-ci aurait la capacité d’infecter des humains, des rats et des souris. Plus inquiétant encore, celui-ci serait résistant à différentes classes d’anticorps monoclonaux.

Les auteurs ont émis différentes hypothèses pour expliquer la présence de ce potentiel nouveau variant dans les eaux usées. Premièrement, il pourrait s’agir d’un variant issu d’excréments humains, qui serait passé à travers les mailles du séquençage. Deuxièmement, plus probable, il pourrait provenir d’animaux réservoirs rongeurs comme les rats présents dans les égouts. Même si la souche originelle du coronavirus ne touchait pas les rongeurs, les variants apparus ensuite en sont capables.

Aucune preuve de la circulation actuelle du virus chez le rat ou chez l’Homme n’a été établie. Néanmoins, les chercheurs ont indiqué qu’il était plausible que ce variant se propage un jour chez l’humain.

À ce stade, nous manquons de données et de recul pour savoir si ce potentiel nouveau variant pourra un jour infecter l’humain et être plus dangereux que Delta ou plus contagieux qu’Omicron. Toutefois, disposer de ce type de données le plus en amont possible est extrêmement utile pour prendre des décisions sanitaires.